В Восточной Молдове установилась новая система правления, совершенно отличная от турецко-фанариотской в правобережном регионе Прута. Царское правительство стремилось, с одной стороны, продемонстрировать балканским народам новую модель управления — христианскую, покровительственную и толерантную, с другой стороны, вводила во все сферы — хозяйственную, социальную и духовную — русские стандарты, добиваясь в конечном счете отчуждения населения Левобережья Прута от его исторических истоков, намереваясь стереть из памяти всякое воспоминание об общей родине — Молдове. Первой акцией в этом направлении было распространение колониального названия «Бессарабия» на все пруто-днестровское пространство. До 1812  года «Бессарабия» означала лишь территорию между Днестровским лиманом и Дунаем, включая и зону Кэушань до Бендер, которая называлась и называется и сегодня Буджаком. В своем «Dicţionar enciclopedic istorico-geografic» (Энциклопедическом историко-географическом словаре) (1931) Г. Адамеску напоминал: «Это название — Бессарабия давалось лишь одной части юга Молдовы, занятой татарами, и которая в XVII—XVIII веках называлась Буджак. Жителям Восточной Молдовы название «Бессарабия» было незнакомо: они называли себя, как называют и сейчас: молдаване». В 1538 году оттоманы переселили сюда ногайских татар.

Правилами временного правления Бессарабии (1813) царское правительство по собственному желанию и своей властью официально признало фальшивое название «Бессарабия», турецкое по происхождению, распространив его на все молдавское пруто-днестровское пространство. По этому документу, на присоединенной территории сохранялись старые молдавские обычаи и законы. Край управлялся сановниками русского царя: командующим армией и гражданским губернатором, но и молдавскими боярами. Первым губернатором был назначен молдавский боярин Скарлат Стурза. Итак, уже с начала установления русского режима «Бессарабией» управлял молдаванин, по молдавским обычаям и законам. Спустя год, в 1813 году, Скарлат Стурза был заменен генерал-майором И. Гартингом. 21 августа 1813 года Священный Синод Русской Православной Церкви благословил основание Кишиневской и Хотинской епархии, а первым ее архипастырем и экзархом был назначен Гавриил Бэнулеску Бодони. Доминирующий класс Восточной Молдовы «делился на два лагеря: русофильный, меньший по численности, и консервативный, национальный, молдавский, который придерживался обычаев земли и старинных законов страны».

Между этими коренными молдавскими боярами и губернатором И. Гартингом возник острый конфликт. В 1814 году генерал И. Гартинг ускорил введение русского законодательства, безосновательно мотивируя это тем, что у края нет традиционных законов и регламентации. Бояре во главе с Г. Бэнулеску Бодони пожаловались императору Александру I, попросив назначить им молдавского губернатора и служащих, «которые знали бы наши обычаи и законы». Напомнив, что турки лет четыреста не вмешивались в законы Молдовы, молдавские бояре писали: «Четыре века Молдова управляется по своим законам и правилам...— Как можно думать, что у нее их не было и нет и ныне? Не существует старинных молдавских законов и постоянных правил? Нет у нас кодекса воеводы Василе (Лупу)?». И еще просили молдавские бояре «архиепископ наш митрополит чтобы был таким, каким был с тех пор, как существует Молдова — первый член и первый сановник Дивана, потому что это будет по молдавскому закону и традиции».

По «Уставу образования Бессарабской области 1818 года» Восточная Молдова управляется Верховным Советом, составленным из членов выборных и  назначенных. Председателем Совета был губернатор. «Дела в Совете велись на русском или молдавском языках в зависимости от их характера, то есть: административные, распорядительные, налоговые, криминальные и инструкции — на русском и молдавском с соблюдением русских законов и с сохранением прав и обычаев земли, касающихся частной собственности; а судебные, гражданские и межевые велись на единственном языке — молдавском и разбирались на основании молдавских законов и обычаев». Академик Ш. Чобану комментирует это положение: «Если высшее учреждение Бессарабии использует в такой мере молдавский язык, об уездных властях не может идти и речи: молдавский язык был единственным языком, использовавшимся в местных делах. Действительно, сохранилось множество документов, которые доказывают, что в первые годы русского правления или, вернее сказать, в первые десятилетия, молдавский язык был официальным языком учреждений Бессарабии, который использовался наряду с другим официальным языком — русским». Допущение молдавского языка в официальных учреждениях, применение, пусть и частичное, молдавских прав и обычаев, наем на работу в различные учреждения местных жителей, право населения и бояр на отставание своих прав и их удовлетворение придавали Восточной Молдове («Бессарабии») черты автономии.

Однако постепенно эти прерогативы были аннулированы. Власти ввели в Верховный Совет еще двух членов, назначаемых из столицы, что, безусловно, сократило возможности местных членов. В 1820 году губернатор, он же и председатель Совета, присвоил себе право вето на любое решение, за исключением судебного. С 1825 года Верховный Совет больше не имел судебных полномочий, а в 1828 году декретом Николая I был ликвидирован. В крае были введены административные губернские законы и структуры, общероссийская налоговая система. «Бессарабия» становится русской областью. С 1842 года молдавский язык больше не разрешается использовать в официальных документах, постепенно он удален из школ. С 1828 года край управляется «Учреждением по управлению Бессарабской областью», действительному до 1873, когда Восточная Молдова была преобразована в обычную российскую губернию. Ущемление национальных прав местного населения вызвало недовольство молдавской знати. В 1841 году предводитель дворянства В. Стурза обратился с ходатайством к губернатору. «Но русификация, — отмечает академик В. Ф. Шишмарев, — продолжалась, попирая права и потребности не только знати и буржуазии, которые без слишком больших угрызений примирились с новым порядком, но и буржуазной интеллигенции, принужденной капитулировать...»