În Moldova de Est s-a instituit un nou sistem de ocîrmuire, cu deosebit de cel turco-fanariot din regiunile  din dreapta Prutului. Guvernul ţarist năzuia, pe de o parte, să demonstreze popoarelor balcanice un nou model - creştinesc, ocrotitor şi tolerant de administrare, pe de altă parte - introducea în toate sferele de gospodărire, socială şi spirituală standardele ruseşti. Urmărindu-se, în definitiv, înstrăinarea populaţiei din stînga Prutului de matca ei istorică, intenţionînd să-i şteargă din memorie orice amintire de patria comună - Moldova. Prima acţiune în această direcţie a fost extinderea denumirii coloniale de „Basarabia” asupra întregului spaţiu pruto-nistrean. Pînă în 1812 „Basarabia”desemna numai zona dintre limanul Nistrului şi Dunăre, cuprinzînd şi Căuşanii, pînă lîngă Bender, ceea ce se mai numea şi se numeşte şi astăzi Bugeac. În al său Dicţionar enciclopedic istorico-geografic (1931) Gh. Adamescu amintea: „Acest nume - Basarabia se dădea numai unei părţi din sudul Moldovei ocupat de tătari şi care prin secolele XVII-XVIII se numea Budjac. Pentru locuitorii din Moldova de Est numele de „Basarabia” era necunoscut: ei îşi ziceau cum îşi zic şi azi: moldoveni”. În 1538 otomanii au strămutat aici tătarii nohai. Prin Pravilele ocîrmuirii vremelnice a Basarabiei (1813) guvernul ţarist oficializează cu de la sine vrere şi putere denumirea falsă de „Basarabia”, turcească la origine, extinzînd-o asupra întregului spaţiu moldovenesc pruto-nistrean. Potrivit acestui act, în teritoriul alipit se păstrau vechile obiceiuri şi legi moldoveneşti. Ţinutul era cîrmuit de dregătorii împăratului rus: comandantul armatei şi guvernatorul civil, dar şi de boierii moldoveni.

Primul guvernator a fost numit boierul moldovean Scarlat Sturza. Aşadar, chiar de la începutul instaurării regimului rusesc, „Basarabia” era ocîrmuită de un Moldovan, după obiceiurile şi legile moldoveneşti. După un an, în 1813, Scarlat Sturza a fost înlocuit cu general-maiorul I. Garting. La 21.08.1813 Sfîntul Sinod al Bisericii Ortodoxe Ruse binecuvîntează înfiinţarea Eparhiei Chişinăului şi a Hotinului, primul ei arhipăstor şi exarh a fost numit Gavriil Bănulescu Bodoni. N. Iorga va scrie la 1908: „Gavriil rămase exarh pe jumătatea de Moldovă ce se smulse de ruşi, cu acest prilej dîndu-i-se numele, fals şi fără nici un rost, de Basarabia”. Totuşi protipendada avea o atitudine diferită faţă de noua putere. Clasa proprietarilor mari, a boierilor din Moldova de Est „se împărţea în două tabere: rusofilă, mai puţin numeroasă, şi cea conservatoare, naţională, moldovenească, care se ţine de obiceiurile pămîntului şi de legile vechi ale ţării”. Între aceşti boieri neaoşi moldoveni şi guvernatorul I.Garting s-a iscat un conflict acut. La 1814 generalul I.Garting forţează introducerea legislaţiei ruse, motivînd, fără temei, că ţinutul, cică, nu ar avea legi şi reglementări tradiţionale. Boierii în frunte cu G. Bănulescu Bodoni s-au plîns împăratului Alexandru I, cerînd să li se dea un guvernator şi funcţionari moldoveni, „care să cunoască obiceiurile şi legile noastre”. Amintind că turcii vreo patru veacuri nu s-au amestecat în legile Moldovei, boierii moldoveni scriau: „De patru secole Moldova se guvernează după legile şi regulamentele sale... Cum s-ar putea crede că ea nu le-a avut şi nu le are în prezent? Nu există vechi obiceiuri moldoveneşti şi reguli permanente? N-avem noi codul voievodului Vasile (Lupu)?”. Şi mai cereau boierii moldoveni: „arhiepiscopul nostru mitropolit să fie aşa cum este de cînd există Moldova - întîiul membru şi întîiul dregător al Divanului, căci aceasta este în legea şi tradiţia moldovenească”.
 
Conform Aşezămîntului obrazovaniei oblastiei Basarabia (Regulamentul privind înfiinţarea regiunii Basarabia) din 1818, Moldova de Est se cîrmuia de către un înalt Sfat, alcătuit din membrii aleşi şi membrii numiţi. Preşedinte al Sfatului era guvernatorul. „Corespondenţa (treburile) în sfat se făceau în limba rusă sau moldovenească, după natura ei, adică: acele administrative, dispozitive, fiscale, criminale şi de instrucţie - în ruseşte şi moldoveneşte cu respectarea legilor ruseşti şi cu păstrarea drepturilor şi obiceiurilor pămîntului privind proprietatea privată; iar cele judecătoreşti civile şi cele hotarnice se fac într-o singură limbă - moldovenească şi se judecă pe baza legilor şi obiceiurilor moldoveneşti”. Academicianul Şt.Ciobanu comentează această prevedere: „Dacă cea mai înaltă instituţie a Basarabiei întrebuinţează în aşa măsură limba moldovenească, de autorităţile judeţene nici nu poate fi vorba: limba moldovenească era singura limbă care se întrebuinţa în afacerile locale. Într-adevăr s-au păstrat o mulţime de acte care dovedesc că primii ani ai stăpînirii ruseşti sau, mai bine zis, primele decenii limba moldovenească a fost limba oficială a instituţiilor din Basarabia, care se întrebuinţa în rînd cu cealaltă limbă oficială - cea rusească”. Admiterea limbii moldoveneşti în instituţiile oficiale, aplicarea, fie şi parţială a drepturilor şi obiceiurilor moldoveneşti, angajarea în diferite instituţii a localnicilor, dreptul populaţiei şi a boierilor de a formula revendicări şi satisfacerea acestora imprimau Moldovei de Est („Basarabia”) caracteristici de autonomie. Treptat însă aceste prerogative au fost anulate. Autorităţile au introdus în înaltul Sfat încă doi membri numiţi din capitală, ceea ce, evident, a redus posibilităţile membrilor locali. În 1820 guvernatorul, tot dînsul şi preşedinte al Sfatului, şi-a arogat dreptul veto asupra oricăror hotărîri, cu excepţia celor judecătoreşti. Din 1825 înaltul Sfat nu mai avea împuterniciri judiciare, iar din 1828, printr-un decret al lui Nicolai I a fost lichidat. În ţinut au fost introduse legile şi structurile administrative guberniale, sistemul fiscal comun întregii Rusii. „Basarabia” devine o oblastie rusească. Din 1842 limba moldovenească nu mai poate fi folosită în documentele oficiale, treptat ea este înlăturată din şcoli. Din 1828 ţinutul este administrat conform Instituţiei pentru cîrmuirea Basarabiei, regulament valabil pînă în 1873, cînd Moldova de Est a fost transformată într-o obişnuită gubernie rusească. Reducerea drepturilor naţionale ale populaţiei băştinaşe a stîrnit nemulţumirea nobilimii moldoveneşti, mareşalul căreia V.Sturza în 1841 a înaintat un demers guvernatorului.

„Însă rusificarea, - menţiona academicianul V. F. Şişmariov, - continua, încălcînd drepturile şi necesităţile nu numai ale nobilimii şi burgheziei, care fără prea mari remuşcări s-a împăcat cu ordinea nouă, ci şi ale intelectualităţii burgheze, constrînse să capituleze...”