Majoritatea covîrşitoare a actelor semnate de Ştefan al III-lea cel Mare au o structură tradiţională respectată, schimbîndu-se doar componentele compartimentelor. Astfel, fiecare document conţine obligatoarea enumerare de martori: „iar pentru aceasta este credinţa domniei noastre..., credinţa boierilor noştri (urmează enumerarea acestora, respectîndu-se ordinea ierarhică: pîrcălabii, marele vornic, lista încheind-o comisul) şi credinţa tuturor boierilor noştri moldoveni, mari şi mici”.

Începînd cu cel semnat la 13.02.1458, în actele emise de Cancelaria lui Ştefan al III-lea cel Mare intervine o completare esenţială, ce va fi preluată în multe alte documente moldoveneşti. Prin gramota din 13.02.1458 domnitorul confirmă mănăstirii Neamţu stăpînirea asupra satului Băloşeşti: „Милостию Божиею мы Стефан воевода, Господарь Земли Молдавской... дали и подтвердили... И на то есть вера нашего господства вышеписанного Стефана воеводы, и вера митрополита нашего кир Феоктиста...”.

Şi numai după aceasta urmează: „и вера бояр наших: вера пана Маноила, вера пана Влайкула, вера пана Петра пыркэлаба, вера пана Тома дворника... и вера всех бояр наших молдавских великих и малых....” Şi în treburile bisericeşti Ştefan al III-lea a năzuit spre stabilitate şi continuitate, demonstrînd chiar o mai mare credinţă şi cinste „întîistătătorilor” Bisericii Ortodoxe din Moldova, decît marilor boieri de curte, dregători. Potrivit unor calcule, totuşi nesigure, în perioada 1399-1457 mitropoliţi ai Moldovei au fost 12 ierarhi. Judecînd după hrisoavele domneşti Ştefan al III-lea cel Mare s-a bucurat de sprijinul şi binecuvîntarea a doi mitropoliţi: Teoctist care a păstorit credincioşii pravoslavnici ai Moldovei pînă în 1477. Următorul ierarh cu titlul de mitropolit al Sucevei şi al Moldovei, Gheorghie a păstorit pînă în 1511. Nici unul din domnitorii Moldovei n-a arătat prin fapte concrete atîta grijă, atîta milostenie faţă de lăcaşele sfinte şi faţă de slujitorii domnului, precum Ştefan al III-lea cel Mare.

Aproape că nu există vreo carte domnească semnată de el, unde să nu fie pomeniţi egumeni, arhimandriţi, preoţi („popi”), stareţi, episcopi, dascăli, cărora le dăruia ceva, le întărea ocine, îi scutea de dări, le făcea dreptate. Marele domnitor, respectînd structura organizatională a Bisericii Ortodoxe din Moldova, statornicită pe vremea moşului său Alexandru cel Bun încă în 1401, a înfrumuseţat Moldova cu noi locaşe, le-a dăruit ocine, le-a înzestrat cu podoabe devenite vestigii nepieritoare.

Mitropolia Sucevei şi a Moldovei avea două mari subdiviziuni: episcopia de Roman şi episcopia de Rădăuţi. La Roman pe la 1464 episcop era „кир Тарасие от Долнего Торга” (adică de la Tîrgul de Jos, Roman), pomenit ca martor imediat după Ştefan şi feciorul acestuia, tînărul voievod Alexandru. La episcopia de Roman Tarasie este urmat de Vasile, pomenit în perioada 1488-1499 şi de Teoctist, fost egumen la mănăstirea Neamţului, pomenit într-un act din 1502 cu titlul: „episcop al Mitropoliei Tîrgul de Jos, adică al Romanului”. Hrisoavele domneşti pomenesc în fruntea episcopiei din Rădăuţi pe episcopul Ioanichie între anii 1472-1503. Ştefan al III-lea cel Mare nu numai a păstrat ceea ce a moştenit de la moşul său Alexandru cel Bun, nu numai a ctitorit zeci de noi lăcaşe şi le-a împodobit, el a îmbunătăţit structura organizaţională a Bisericii Ortodoxe Moldoveneşti, bunăoară, a episcopiei de Rădăuţi.

Prin „gramota” domnească din 15.03.1490 „Стефан воевод, Господарь Земли Молдавской” întregeşte eparhia episcopiei de Rădăuţi, întărindu-i stăpînirea peste 44 de sate din ţinutul Sucevei, pe care i le confirmase încă Alexandru cel Bun, dîndu-i, în schimbul altor 6 sate din acest ţinut, pe care cu învoirea episcopului Ioanichie de Rădăuţi, le dăruise mănăstirii Putna, alte şase sate în ţinutul Cernăuţi, ca să împlinească numărul de 50 de biserici cu popi pe care le-a avut episcopia de la început.

Cele 6 sate „cu popi” din ţinutul Cernăuţilor, care treceau sub oblăduirea episcopului de Rădăuţi Ioanichie erau: „două biserici din tîrg din Cernăuţi, trei biserici din Cuciur şi o biserică din Mihalcea”. Toate aceste schimbări s-au săvîrşit „împreună cu rugătorul şi părintele nostru chir Gheorghie şi cu toţi boierii noştri moldoveni” pentru „sfînta noastră episcopie de la Rădăuţi unde este episcop rugătorul şi părintele nostru chir Ioanichie”. „Iar spre aceasta este credinţa domniei noastre Ştefan voievod, credinţa preaiubiţilor fii ai domniei mele Alexandru şi Bogdan Vlad şi credinţa boierilor noştri: Neagu, Duma, Dragoş vornicul, Hărman, Hudici, Dajbog, Ştefan de la Hotin, Micotă şi Reateş pîrcălabi de Neamţ, Ciortorovschi, Grozea pîrcălab de Orhei, Secară de la Cetatea Nouă, Clănău spătarul, Boldor vistiernicul, Eremia postelnicul, Frunteş stolnicul, Şandru comisul şi credinţa tuturor boierilor noştri moldoveni, mari şi mici”.