Все молдавские реки принадлежат к бассейну Черного моря и почти все, следуя общему уклону поверхности, текут с северо-запада на юго-восток. Мелкие притоки имеют различные направления, но все же рек, текущих на север и запад, почти нет.

Самая большая река Молдовы — Днестр. Еще древние греки и римляне знали ее и называли Тирас. В средние века вдоль него шел торговый путь из Львова в Крым и Турцию. Величественные молдавские крепости, сооруженные на берегах реки, сохранились и сейчас в Хотине (Украина), Сороках, Бендерах, Белгороде-Днестровском (Украина).

Начало свое Днестр берет в Карпатах на высоте 759 м над уровнем моря из родников, выходящих на северо-западном склоне горы Розлуч; 700 км он течет по Украине и около 660 км − по Молдавии. Его годовой сток в среднем составляет 10 куб. км.

Днестр, как и все реки, берущие начало в горах, − река капризная. Выпадут в Карпатах обильные снега, и весной − обычно уже в конце марта — широко разольется Днестр в своих низовьях. Бывают и летние паводки от ливневых дождей − это особенность всего юго-запада нашей страны.

Самый низкий уровень воды в сентябре и в зимние месяцы. В декабре река обычно замерзает, но всего на три месяца: в начале марта, а иногда и в конце февраля она уже вскрывается; ледоход длится 1—2 недели. Толщина льда в среднем 15—25 см, раз в 5—6 лет ледостава вообще не бывает, но в холодные зимы образуются мощные ледяные заторы.

Частые и неожиданные разливы столетиями причиняли большой ущерб хозяйству и населению, не позволяли в полную меру использовать пойменные земли. В 1954 г. у небольшого города Дубоссары была сооружена гидроэлектростанция. Ее плотина не регулирует сток Днестра, но все-таки сдерживает и копит его воды. Выше плотины образовалось большое, с глубинами 14—18 м, водохранилище. Теперь это самый крупный в республике водоем: его площадь составляет 5400 га. Высокие, скалистые, во многих местах поросшие лесом берега водохранилища — превосходное место для отдыха, рыбной ловли, туризма.

До села Выхватинцы, знаменитого раскопками одной из древнейших стоянок первобытного человека, Днестр течет в узкой долине, нередко с почти отвесными, сложенными известняком берегами, во многих местах поросшими лесом. Южнее долина постепенно расширяется, а около городов Тирасполь и Бендеры достигает 10—20 км ширины. Уклоны течения воды здесь ничтожные, и река образует причудливые, очень крутые излучины, которые во многих местах близко сходятся между собой.

Берега реки — крутые и каменистые в среднем течении, пологие и открытые вблизи ее низовий — радуют глаз постоянной сменой ландшафта. Особенно красивы днестровские излучины весной, в апреле, когда на берегах непрерывной белой лентой тянутся цветущие яблоневые сады.

Днестровская вода хорошего качества: без запаха, приятная на вкус, имеет небольшую минерализацию. На всем протяжении реки вода ее пригодна для питья, орошения, промышленного использования.

Днестр в пределах Молдовы судоходен, и путешествие по реке интересно. Можно увидеть геологические обнажения, старинные крепости, сады... В низовьях Днестра находится соединяющийся с ним большой пресный Кучурганский лиман, на берегах которого сооружена Молдавская ГРЭС.

Вторая по величине река Молдовы Прут, протекающая вдоль западной границы республики, во многом сходна с Днестром, хотя и не столь многоводна. Прут берет свое начало тоже в Карпатах на высоте более 2000 м над уровнем моря, на склонах горы Говерлы. В своих верховьях, например вблизи знаменитого карпатского курорта Яремча, Прут — типичная горная река. Но когда он доходит до границ Молдовы, характер его уже совсем иной. На территории Молдовы река имеет широкую выработанную долину с террасами и развитой поймой. По своему режиму, типу паводков Прут тоже мало отличается от Днестра.

Вода в Пруте очень пресная, вкусная, по старинным народным преданиям — целебная. Совместная советско-румынская экспедиция, исследовавшая Прут в 1964—1965 гг., на основании химических и микробиологических анализов пришла к заключению, что Прут — самая чистая река Центральной Европы. Вода Прута тоже используется для орошения. Судоходна река лишь на небольшом протяжении от устья до городка Леово. Прут — приток Дуная и в своем нижнем течении сильно зависит от его режима. Дунай как бы «подпирает» Прут, поэтому широкая пойма Прута южнее городка Кагула заболочена и изобилует озерами. Самые крупные из них — Белеу, Ротунда, Бодельник, Фолтана, Драчеле — очень красивы, богаты рыбой, а также водоплавающей птицей.

Внутренние реки Молдовы по режиму очень отличаются от Днестра и Прута. Все они маловодны, летом сильно мелеют, а иногда полностью пересыхают, воду имеют довольно минерализованную, подчас непригодную для питья. Особенно «солеными» являются реки Большой, Средний и Малый Чулук, Кула — в северной Молдове; Ялпуг, Лунга, Когильник, Сарата, Ботна, Большая и Малая Сальча и другие — в ее южной части. Соленость их вызвана тем, что они протекают по местностям, сложенным соленосными неогеновыми глинами. В конце лета, особенно при длительном бездождье, вдоль русел этих рек по берегам тянутся сплошные белые полосы солончаков с выцветами сернокислых солей.

Более пресная вода в левобережных притоках Днестра — Каменке, Белочи, Молокише, Рыбнице, Ягорлыке. Они начинаются на Подольской возвышенности и, прорезая ее, имеют глубокие (120—150 м), иногда каньонообразные долины, сложенные песчаниками и известняками. Хорошую воду несут левые притоки Прута, протекающие по северной части республики, — Раковец, Чугур и др.

Своеобразен Реут — самая большая внутренняя река Молдовы, длина которого составляет почти 300 км. Он начинается в приподнятой части Северного Молдавского плато у села Редю Маре на высоте 146 м над уровнем моря и впадает в Днестр у села Устье напротив города Дубоссары. Среди притоков Реута — несколько довольно крупных с постоянным течением — Куболта, Кайнар, Большой Чулук, Кула.

От истока до города Бельцы Реут течет почти точно с севера на юг, затем резко меняет направление на широтное, а от города Флорешты течет в основном на юго-восток. У Оргеева долина Реута пропиливает толтровую гряду. Вблизи Старого Орхея и села Требужены река чрезвычайно живописна: ее узкая каньонообразная долина в буквальном смысле извивается в известняках. На земном шаре редки такие случаи, когда речной каньон не имеет прямолинейного направления, а образует излучины, однако подобное явление характерно и для других рек Молдовы, делая их поразительно красивыми и живописными. Выше толтровой гряды подпруженная река образует широкую Оргеевскую низину, сильно заболоченную и засоленную.

Река Бык, на обоих берегах которой расположен Кишинёв, начинается в лесистой части Центральномолдавской возвышенности на высоте 175 м. Около города Бендеры она впадает в Днестр, образуя приустьевое мелководное и заболоченное озеро, которое тоже называется Бык. Несколько выше Кишинева река в 1963—1964 гг. была перегорожена плотиной.

Возникшее водохранилище — «Кишиневское море» — имеет площадь зеркала около 1000 га. Его берега и пляжи превращены в зону отдыха и туризма, а вода используется на орошение овощных плантаций в пригородах Кишинева. Крупные искусственные водоемы сооружены и на других реках — Ботне, Когильнике, Ялпуге.

Поскольку Молдова бедна поверхностными водами, ее жители издавна искали средства рационального использования и сохранения вод. Единственно возможным для этого в старые времена было сооружение прудов. Их строили, разумеется, вручную, чаще всего в небольших балках, перегораживая их плотинами. Пробовали строить плотины и на реках, например на Быке, но, как писал Д. Кантемир в начале XVIII в., «дело сие не достигло намерения».

Сейчас в республике свыше 1500 прудов с общей площадью водного зеркала около 15 тыс. га. Если смотреть с самолета, кажется, что десятки сверкающих на солнце зеркал разбросаны среди зеленых массивов садов, виноградников, полей и лесов. Пруды в большинстве случаев используются комплексно — для рыболовства, разведения уток и гусей, водопоя скота, орошения овощных плантаций, садов и, разумеется, для купания.

Большое значение имеют в Молдове грунтовые и артезианские воды. Издавна пользовались заслуженной славой многие источники — изворы, с прекрасной прохладной водой, иногда просто приятной на вкус, а порой и целебной. Всего в Молдове насчитывается около 2200 родников с хорошей питьевой водой.

Подземные воды образуют несколько горизонтов, приуроченных к различным геологическим слоям. Для водоснабжения и частичного орошения больше всего используются воды меловых и палеогеновых отложений. 1400 артезианских скважин вместе дают почти 1 млн. куб. м воды в год. Однако она не везде высокого качества, подчас содержит много солей и при использовании на орошение может вызвать засоление почвы. В этом случае она годится только для водопоев. Самые близкие к земной поверхности грунтовые воды залегают в четвертичных отложениях. Эти воды очень разнообразны по своему качеству, чаще хорошие.

Воду получают из шахтных колодцев, которых в Молдове насчитывается до 65 тыс., и широко используют в быту.