În cadrul Principatului Moldovei biserica are în grija sa o serie de școli, spitale, aziluri pentru cei nevoiași. Totodată biserica este un mare proprietar de pămînt și averi pe care le gestionează independent. 

În timpul domniei lui Al.I.Cuza la ordinea zilei este pusă problema mănăstirilor închinate. De-a lungul secolelor  o seamă de mănăstiri din Moldova au fost „închinate”, adică puse – prin voința ctitorilor – sub ascultarea patriarhiilor de Constantinopol, Ierusalim, Antiohia, Alexandria ori a marilor mănăstiri de la Athos, din Peninsula Balcanică, din Orientul Apropiat. Mănăstirile din străinătate urmau să se îngrijească de mănăstirile moldovene și să asigure îndeplinirea obligațiilor fixate de ctitori – întreținere de spitale, școli și aziluri, zestre pentru fete sărace, milostenii.  Aceleași mănăstiri din străinătate primeau în schimb o cota parte din veniturile, în unele cazuri considerabile, pe care le aveau mănăstirile moldovenești de pe urma moșiilor cu care erau înzestrate. Cu timpul cota-parte a sporit foarte mult, în schimb obligațiile au fost tot mai mult neglijate.

Călugării străini beneficiau de un statut care-i scotea de sub incidenţa legilor moldovenești. Ei acumulaseră, pe diverse căi, averi impresionante. Cu toate că Regulamentul Organic a introdus obligativitatea plăţii dărilor către stat în proporţie de un sfert din veniturile realizate, măsura a rămas literă moartă din cauza refuzului grecilor de a se supune acesteia.

Alexandru Ioan Cuza avea în programul său de reforme secularizarea averilor mănăstireşti. În aceste condiții mulţi călugări greci încercau să părăsească ţara, luînd cu ei obiecte de preţ de prin mănăstiri. Autorităţile au dispus atunci condiţionarea eliberării de paşapoarte unor garanţii corespunzătoare. Astfel s-au salvat de la înstrăinare obiecte importante din patrimoniul naţional, iar multe dintre ele aveau să fie adunate un an mai tîrziu în cadrul Muzeului naţional de antichităţi, instituit de Cuza la BUcurești prin decret domnesc. (Unde?)

În iulie 1863 guvernul a oferit o sumă importantă ierarhilor greci drept despăgubire – 80 milioane lei (din care aveau să se scadă 29 milioane datorate statului de aşezămintele religioase), plus 10 milioane pentru construcția unei școli laice și a unui spital la Constantinopol, o sumă mare pentru bugetul ţării, bani pe care călugării greci i-au refuzat nemulţumiţi. Oferta a fost sporită la 102 milioane lei, apoi la 150 milioane lei, însă nu a fost acceptată de ierarhii greci în speranţa că Puterile garante vor interveni. În final călugărilor nu li s-a mai plătit nimic. În aceste condiții în decembrie 1863 a fost votată „Legea secularizării averilor mănăstireşti”, prin care au fost trecute în proprietatea statului toate averile mănăstirilor, nu doar a celor închinate. În total au fost trecute în proprietatea statului 31 de mănăstiri închinate din Moldova care deţineau 194 de moşii, plus numeroase păduri.

Din punct de vedere canonic, la 1812, Moldova de Est (Basarabia) se afla sub jurisdicţia Mitropoliei Moldovei, iar odată cu incorporarea regiunei la Imperiul Rus ea trece sub autoritatea Bisericii Ruse. După pacea de la Bucureşti, Mitropolitul Gavriil Bănulescu Bodoni stabilit la Chișinău, cerea Sinodului rus o nouă eparhie, deoarece în Basarabia erau  peste 750 de biserici, ai căror credincioşi aveau o limbă diferită de cea a imperiului. La 21 august 1813 a fost înfiinţată eparhia Chişinăului şi Hotinului, care a primit rangul de mitropolie şi exarhat cu reşedinţa la Chișinău. 

Tot în 1813, în urma memoriului Mitropolitului Gavriil Bănulescu Bodoni, care spunea că şi dincolo de Nistru „ruşi sînt foarte puţini”, eparhiei nou create i-a fost alipit şi teritoriul din stînga Nistrului, care fusese stăpînit de otomani pînă în 1792. Este vorba despre 77 de biserici din  gubernia Ekaterinoslavului, oraşele Tiraspol, Ananiev, Elisavetgrad, Dubăsari şi Ovidiopol cu ţinuturile înconjurătoare, precum şi gubernia Hersonului cu oraşele Herson, Oceacov, Odesa, Olviopol şi satele din jurul lor.

Mitropolitul Bănulescu-Bodoni cerea pentru slujitorii bisericii din Basarabia „aceleaşi drepturi de care se bucură clerul rosienesc”. În plus, el solicita neamestecul autorităților în afacerile bisericii.  Astfel, la 1813, eparhia Chişinăului şi Hotinului, împărţită în nouă protoierii, număra 775 de biserici, 21 de mănăstiri, 812 clerici, care beneficiau de scutirea de impozite şi de efectuarea serviciului militar. Preoţimea nu era remunerată de stat, trăind din ofran­dele credincioşilor şi din rodul pămîntului bisericesc. Fie­care biserică avea 33 fălci de pămînt, oferite de către proprietarul satului sau de obştea sătească. Enoriaşii munciau acest pămînt prin claca pentru preot.

În timpul păstoririi sale, G. Bănulescu-Bodoni a organizat biserica introducînd o serie de elemente specifice bisericii ruse. Şi-a ales un vicar, pe Dumitrie Sulima, numit episcop de Bender şi Akerman. În exercititarea atribuţiilor sale era ajutat de protopopi, ce aveau în subordine blagocini. În 1813 la Chișinău  a fost infiinţat un «Seminar duhovnicesc».

Pentru a pregăti candidaţii pentru Seminar s-a creat în 1823 la Chișinău «Şcoala duhovnicească», cu frecvența de 4 ani, care primea elevi după terminarea cursului primar. Apoi au fost deschise alte două şcoli duhovniceşti, una la Ismail şi alta la Edineț. 

La inițiativa lui G.Bănulescu-Bodoni, în 1814, la Chișinău a fost înființată tipografia Mitropoliei Chişinăului şi Hotinului. De sub teascurile acestei tipografii a ieşit o serie întreagă de cărţi didactice şi religioase (inclusiv) traduse din rusă sub îngrijirea mitropolitului. Între anii 1815 şi 1820 ieşiseră de sub teascurile acestei tipografii nu mai puţin de  19.320 de diverse cărţi bisericeşti în limba moldovenească.

G.Bănulescu-Bodoni a încurajat înființarea de locașe religioase, a dorit ridicarea unei catedrale mitropolitane la Chișinău, însă piatra de temelie va fi pusă abia în 1830, fiind finisată către 1836. Moartea mitropolitului G.Bănulescu-Bodoni în 1821, a determinat autorităţile ruse să modifice rangul bisericii, transformînd-o în arhiepiscopie condusă de episcopi ruşi.

G. Bănulescu Bodoni a fost urmat de Dimitrie Sulima ( 1821- 1844), ucrainean de origine, care a fost hirotonit la Iași și a petrecut mai mult timp la Dubăsari, ajutîndu-l pe protopopul Mihail Strilbiţchi la lucrările sale tipogra­fice. În 1823 este reorganizat Seminarul din Chișinău, fiind subordonat Academiei Teologice de la Kiev. La mijlocul secolului al XIX-lea numărul  şcolilor parohiale cu predare în limba moldovenească ajunge la 326. În perioada păstoriei lui D. Sulima a fost sfinţită catedrală din Chișinău (1836), avînd hramul Naşterea Domnului.

D. Sulima a fost urmat de Irinarh Popov ( 1844-1858), în timpul păstoririi căruia s-a desăvîrşit organizarea bisericii. A luat măsuri pentru îmbunătăţirea situaţiei materiale a clerului, a susținut ridicarea de noi biserici la Răciula, Suruceni, Ţigăneşti etc. Către  1858 în eparhie erau 865 de biserici de mir, dintre care 314 din piatră și 551 din lemn, la care se mai adăuga şi 34 de biserici în 21 de mănăstiri, care ființau pe atunci.  Au fost retrocedate Moldovei 94 de biserici, care au fost cuprinse în noua eparhie a Dunărei de Jos cu scaunul episcopal la Ismail.

Din 1867 apare Buletinul oficial al Eparhiei - Kishinevskaia Eparchialinaia Vedomosti. În acea perioadă ființau în Basarabia 843 de biserici, dintre care 318 din piatră şi 525 din lemn.

Pe timpul lui Pavel Lebedev ( 1871-1882) a fost reglementată folosirea loturilor parohiale, iar în unele parohii s-a introdus salarizarea clerului. În 1863 este înfiinţată Mănăstirea Noul Neamţ. Au fost ridicate biserici noi la Vărzăreşti, Curchi, Saharna. Conform noilor dispoziţii ale arhiepiscopului P. Lebedev slujba religioasă urma să fie oficiată în limba slavonă, însă ele nu erau pretutindeni respectate.

În 1870, a fost închisă Tipografia Eparhială din Basarabia şi au fost aduşi numeroşi preoţi din colţurile cele mai îndepărtate ale Rusiei. Arhiepiscopul Pavel a concediat un număr mare de preoţi şi dascăli: 169 de parohi au fost retrogradaţi la rangul de simpli preoţi auxiliari, 194 au fost radiaţi din buget, 32 au fost pensionaţi, 596 de dascăli au fost concediaţi etc. Aceste măsuri n-au dat însă rezultatele scontate. Preoţii ruşi numiţi în satele basarbene învățau limba moldovenească și deveneau moldoveni în curs de două generaţii.

Următorul arhiepiscop, Serghei Lapidevschi ( 1882-1891), a reîntors limba moldovenească în biserică pentru a calma spiritele. O consecință a interzicerii oficierii slujbei în limba moldovenească a fost apariţia sectelor religioase, ca cea a inochentiştilor. 

Dintre cei care i-au urmat se remarcă Iacov Piatniţki ( 1898-1904) sub auspicile căruia ia naștere

Societatea de Istorie şi Arheologie Bisericească din Basarabia, unde au fost realizate numeroase studii de istorie bisericească, şi societatea caritabilă „Frăţia Naşterea lui Hristos”, care avea ca scop promovarea unei bune educaţii religioase în popor.

În primele decenii ale secolului XX sînt continuate activităţile sociale, dar şi economice, construirea unei clădiri în centrul Chişinăului și a unei case Eparhiale alături de Catedrală. Sînt ridicate noi biserici parohiale la Soroca dar şi mănăstireşti, la Căpriana şi Japca. Mănăstirile Japca şi Călărăşauca sînt transformate în 1916 în mănăstiri de maici.