Petru I Muşat a fost, precum Bogdan I Întemeietorul, Alexandru cel Bun, Ştefan al III-lea cel Mare, Petru Rareş, un adevărat „descălecător de ţară, dătător de legi şi datini": a stabilit şi întărit graniţele istorice ale Statului Moldovenesc; a îmbunătăţit structura administrării statului, a bătut prima monedă moldovenească; de la el ni s-a păstrat prima gramotă moldovenească, semnată de domnitor; dînsul primul introduce în titulatura suveranilor moldoveni precizarea „Dei gracia” (din mila lui Dumnezeu); a construit biserica Sf. Treime din Siret; pe timpul domniei lui Suceava devine capitală a Moldovei medievale. Nu se putea ca acest energic, ambiţios şi clarvăzător domnitor al unei ţări tinere, în ascensiune, să cîrmuiască aproape 20 de ani fără sfaturile şi sprijinul unui înalt ierarh, care ar fi păstorit Biserica Moldovenească, ar fi îndeplinit îndatoririle de întîistătător.

Petru I Muşat vedea drept una din preocupările sale prioritare statornicirea structurii bisericeşti prin canonizarea ierarhiei superioare − a Mitropoliei.

Domnul Moldovei, ca şi alţi domnitori moldoveni, nu a urmat exemplul păgubos al Ungrovlahiei sau al Bulgariei, Serbiei care au căzut sub dominaţia Constantinopolului, mai bine-zis, la cheremul „ţîrcovnicilor greci”. Anume din această pricină domnitorii Moldovei nu s-au adresat Patriarhului constantinopolitan pentru a primi confirmarea ierarhului, ce activa în Statul Moldovenesc, dorind să aibă o biserică independentă de influențele străine.

Domnul Moldovei Petru I s-a adresat lui Antonie, Mitropolitului de Halici, cu rugămintea să hirotonisească doi episcopi moldoveni: pe Iosif şi Meletie.

Domnitorul Moldovei la 1373 l-a transferat pe episcopul Iosif (după ce a fost hirotonisit de Mitropolitul Haliciului) la Suceava, în capitala ţării, intitulîndu-1 – „vladîco”.

Scaunul altui episcop, Meletie, a fost stabilit în tîrgul Roman. Aceste numiri şi transferări, hotărîte şi efectuate de sine stătător de suveranul moldovan, au dat motiv patriarhatului constantinopolitan să încerce să se amestece în treburile interne ale Bisericii Ortodoxe din Moldova. Fără a coordona cu domnitorul Moldovei, patriarhul de Constantinopol Antonie al IV-lea trimite doi exarhi de ai săi. Soarta unuia n-a lăsat urme în documente. Cel al doilea, Teodosie, nu a fost primit. Crezînd că moldovenii sînt aşa de neînduplecaţi pentru că doresc să-şi dobîndească mitropolia lor, în 1394 patriarhul a desemnat pentru Biserica Moldovenească un mitropolit osăbît, pe grecul Ieremia. Domnitorul, sfatul domnesc, ierarhii Moldovei înţelegeau bine scopul încercărilor patriarhale: Constantinopolul intenţiona sa silească ţara să accepte aceeaşi rînduială bisericească, pe care o impusese anterior Valahiei − o biserică la cheremul ţîrcovnicilor greci cu un grec în frunte. Prin aceasta se explică „alungarea ruşinoasă a creaturii patriarhale din Moldova”. Trebuie de notat, că Moldova şi credincioşii moldoveni n-au acordat nici o atenţie blestemelor dinspre Patriarhie.

După cîţiva ani patriarhia constantinopolitană întreprinde o nouă, a treia, încercare: trimite un nou exarh, pe Mihail, pe care Moldova 1-a refuzat, ca şi pe ceilalţi. Pe timpul domniei lui Ştefan I (1394-1399) împăratul bizantin Manuil Paleolog, coordonîndu-şi acţiunile cu patriarhia, a trimis în Moldova o „misiune politico-religioasă” specială. Cu toate că documentele trec sub tăcere rezultatele acestei solii, anumite urme pare să fi lăsat: Ştefan I a trimis la Patriarhie o delegaţie în frunte cu protopopul Petru. Patriarhul s-a folosit de această ocazie: i-a poruncit protopopului Petru conducerea vremelnică a Bisericii Moldoveneşti. Printr-o scrisoare patriarhul povăţuia domnitorul să alunge din ţară diferiţi „pseudoepiscopi", adică pe acei care au fost desemnaţi fără acordul patriarhiei şi doar după aceea Antonie al IV-lea urma să „binevoiască” să dea Moldovei un mitropolit canonic. Patriarhia era bine informată despre autoritatea înaltă a mitropolitului Iosif printre ierarhii şi clerul Moldovei, despre atitudinea pioasă a celor păstoriţi faţă de întîistătătorul Bisericii Moldoveneşti, de aceea toate mijloacele şi procedeele aplicate pentru a-l înlătura de la scaunul mitropolitan: porunci, promisiuni şi chiar ameninţări au fost zadarnice. În scrisorile trimise prin protopopul Petru, patriarhul îi caracterizează pe Iosif şi Meletie „pseudoepiscopi": „voi, episcopi ai Rosovlahiei, dacă nu veţi fugi din această biserică (a Moldovei) o să vă ţin sub interdicţie şi excomunicare, ca pe nişte călcători de lege...” Porunci, cerinţe şi ameninţări de aşa gen Patriarhul de Constantinopol Antonie al IV-lea le-a înşirat în patru scrisori, aduse de prototopopul Petru în Moldova.

După cum reiese din lucrările istoricilor, care au cercetat toate încercările patriarhiei constantinopolitane de a pune sub controlul grecilor Biserica Ortodoxă din Moldova, „mulţi clerici din Moldova nu l-au recunoscut pe prototopopul Petru ca împuternicit al Patriarhului şi chiar l-au dojenit pentru uzurparea unei puteri străine. Iar mitropolitul Iosif, clerul şi boierii pe care patriarhul nu i-a iertat, n-au dat nici o atenţie ameninţărilor. Ştefan I, domnul Moldovei, la rîndul său, nici nu vroia să audă despre înlăturarea mitropolitului său care se bucura de stima tuturor”.

Continuînd aceeaşi poziţie principială în vederea ocrotirii statutului de sine stătător al Bisericii Ortodoxe Moldoveneşti, domnitorul Moldovei Iuga (1399— 1400), în înţelegere cu mitropolitul Iosif, îl desemnează ca succesor al acestuia la scaunul mitropolitan al Moldovei pe Teoctist. În aceşti ani a părăsit lumea celor drepţi patriarhul Antonie al IV-lea, care „a înrăutăţit atît de mult raporturile cu Biserica Moldovenească, nefacînd nimic pentru o împăcare reciprocă”. Această misiune blagorodnică şi plăcută lui Dumnezeu i-a revenit noului patriarh Matei I şi domnitorului Moldovei Alexandru cel Bun (1400-1432).

Mitropolia Moldovei, precum şi caracterul canonic al primului ei mitropolit Iosif, a fost recunoscut de Patriarhia de Constantinopol în 1401, cînd prin scrisoarea sa către domnitorul Moldovei Alexandru cel Bun, Patriarhul Constantinopolului Matei I a blagoslovit împuternicirile „adevăraţilor episcopi şi mitropoliţilor legitimi ai Moldovei”.

Aşadar, Patriarhia de Constantinopol s-a împăcat cu instituirea în Moldova a unei tradiţii deosebite: alegerea de către ierarhii săi, cu încuviinţarea domnitorului, a mitropolitului său. Mitropolia Bisericii Ortodoxe din Moldova a intrat benevol sub oblăduirea canonică a Patriarhiei constantinopolitane cu statut autonom.

Aşadar, Statul Moldovenesc de acum în veacul al XIV-lea avea Biserica sa Pravoslavnică, temeinic organizată şi canonic structurată, cu scaun mitropolitan şi cu întîistătătorul său desemnat de domnitor.

Ierarhii moldoveni se alegeau de clerul moldovenesc, se confirmau în înaltele slujbe de către domnitor şi sfatul domnesc, unde mitropolitul era primul şi cel mai de vază sfetnic. Dependenţa Bisericii Moldoveneşti de Patriarhia de la Constantinopol era nominală, mai mult protocolară. De regulă, mitropoliţii doar informau patriarhia despre hirotonisirea unor noi episcopi.

Despre caracterul oricum decorativ al dependenţei Bisericii Moldoveneşti de Constantinopol ne informează chiar domnitorul Moldovei D. Cantemir, care în Partea a treia a „Descrierii Moldovei” („Despre religia moldovenilor. Despre ierarhia bisericească”) constată că „Mitropolitul Moldovei are în Biserica Orientală (Pravoslavnică) o anumită, în raport cu alţii, onoare. Dînsul, deşi nu poartă titlul de patriarh, intitulîndu-se Mitropolit al Moldovei şi arhiepiscop al Sucevei, nu se supune nici unui patriarh. Cu toate că primeşte blagoslovire de la Patriarhul de Constantinopol, nu poate fi ales de acesta şi nu este obligat, ca alţi mitropoliţi, să aştepte psifonul (confirmarea) de la Marea Biserică; el are aceeaşi putere în Mitropolia sa, ca şi Patriarhul în a sa”. Despre independenţa de facto a Bisericii Moldoveneşti faţă de patriarhatul constantinopolitan au scris în repetate rînduri mitropolitul Gavriil (Bănulescu-Bodoni), episcopul Neofîl (Scriban), alţi ierarhi şi istorici ai bisericii.