Основной религией населения Молдовы является восточное христианство, или православие, основные культовые сооружения – церкви, которые иерархически подразделяются на кафедральные соборы (или просто соборы), приходские церкви и часовни (капеллы). В состав архитектурного комплекса церкви входит колокольня, прилегающая или отдельно стоящая, с которой прихожан созывали к обычной службе или по особым случаям. Церковь, независимо от ранга, состоит из трех частей: нефа, алтаря и притвора.

Соборы отличаются от обычных церквей большими размерами. Они рассчитаны на большое количество прихожан, особенно в праздники, когда проповедь читает местный высший иерарх церкви. В архитектуре соборов воплотились новые веяния в области художественных форм, стилистических направлений и технического прогресса церковной архитектуры, они представляют собой высшие достижения в области церковной архитектуры, так как в средние века «в религиозной архитектуре были сосредоточены и художественные силы, и устремления общества».

В исторической Молдове кафедральным собором митрополии была церковь Св. Николая Чудотворца в Рэдэуць, затем церковь Митрэуць в Сучаве, после чего − церковь Св. Георгия в Сучаве. На территории современной Республики Молдова, после того как Кишинёв стал резиденцией митрополита Гавриила Бэнулеску-Бодони, первым кафедральным собором стала церковь Св. Архангелов, расположенная в центре Кишинева, в квартале, соседнем с Митрополией, где в богослужениях принимал участие митрополит. Собор был завершен при архиепископе Дмитрии Сулиме, а затем преобразован в архиепископальный собор. После периода использования не по назначению, во времена агрессивного атеизма, кафедральный собор в 1989 году был возвращен церкви.

Епископальные соборы строились в центрах епископств. Одним из самых известных является епископский собор Св. Константина и Елены в Бельцах, основанный первым епископом Бельц Виссарионом Пую в период между двумя мировыми войнами.

Приходские церкви − наиболее распространенный тип религиозных зданий. Строятся в центре населённого пункта или в центре монастыря, представляя собой доминанту архитектурной композиции. В больших городах может быть несколько приходских церквей, в зависимости от числа прихожан. Например  в 1788 году в Кишиневе было, «6–7 церквей», из которых к началу XIX века осталось только четыре. К началу ХХ века в Кишиневе было два собора, 14 приходских церквей и 18 часовен при лечебных и учебных заведениях. В Оргееве в этот же период было пять церквей, в селе Котюжений Марь − две, что говорит о количестве жителей в этих населенных пунктах. Приходские церкви небольшие по размеру, их ширина составляет, в зависимости от числа жителей, от 6,5 до 8,7 м, а длина 15–20 м. Церкви, как правило, возводят на самом высоком месте населенных пунктов, где они выделяются среди окружающего ландшафта.

Церкви, возведённые на кладбищах, называемые часовни, или при больницах, приютах, учебных заведениях, которые называются капеллы, отличался от других церквей отсутствием притвора.

Церкви строились из дерева и камня, однако известны и скальные церкви  (высеченные в скале). Каменные церкви начали строить во времена Молдавского государства, о большинстве из них стало известно благодаря археологическим исследованиям. Церкви строились по приказанию господарей при их дворах, а также в монастырях. На первом этапе развития средневековой архитектуры в период до централизации  государства каменные церкви строили также и бояре в своих поместьях или в городах на принадлежащих им участках земли. Сельские общины в исторической Молдове строили деревянные церкви, самые ранние постройки не сохранились, однако преемственность деревянной церковной архитектуры на территории Республики Молдова можно проследить до 30-х годов XIX века, когда, в соответствии с российским законодательством, было запрещено деревянное строительство. Похоже, что к концу XIX века запрет был снят – в этот период в селе Ларга Бричанского района возводится одна из самых красивых деревянных церквей. Последние из деревянных церквей были построены в межвоенный период, копию Хыржаука расположенный в селе, районе Кэлэрашь.

Скальные церкви, как принято считать, характерны для палеохристианского периода и времён борьбы иконоборцев. В X веке появляются упоминания о существовании храмов, высеченных в скалах вдоль берега Днестра, на которых изображены кресты. Скальные церкви являются частью скитов, расположенных на высоких меловых или известняковых берегах, с осью, направленной на восток, с расположенными на западе кельями. Широко известны скиты в окрестностях сёл Сокола, Цыпова, Жапка, Сахарна – в скалистом берегу Днестра, скит вблизи села Бутучены в скалах на берегу  Реута, келья Бекира недалеко от города Сороки, высеченная в меловом обрыве балки Бекир. Большинство скальных поселений не было исследовано.