Следы самых ранних построек относятся к нижнему палеолиту, их возраст – 500–300 тыс. лет. Это жилища, обнаруженные в скалах вдоль берегов Днестра, Прута и Реута, в гротах и пещерах. В Ледниковый период человек использовал в качестве убежища природные пещеры, в которых археологами найдены кремневые орудия труда – скребки, ножи, рубила и др. Для жилья выбирали пещеры с входом на юге или западе, прикрытые скалистым козырьком, иногда еще камнями. Как правило, располагались эти укрытия недалеко от воды, на безопасной в случае наводнения высоте. Известны жилые гроты, расположенные в скалистых берегах левых притоков Прута вблизи сел Бутешты (Глодянского р-на), Брынзены (Единецкого р-на), Фетешты (Единецкого р-на). Особенно удобными для жилья ученые считают три грота на берегах реки Чугур, недалеко от села Дуруитоаря Веке (около 500 тыс. лет). Человек также сооружал временные жилища на уровне земли, используя кости крупных животных, их шкуры. Подобные стоянки доисторического человека найдены вблизи деревни Офатинцы (их возраст около 300 тыс. лет). В Ледниковый период (примерно 50 тысяч лет назад) люди научились добывать огонь – в обитаемых пещерах этого периода были обнаружены кострища. Когда льды отступили, люди стали селиться на открытых пространствах, оставив после себя селища в Косэуцах (Сороки), Флорештах – полуземлянки с вырытыми в земле очагами. В конце периода верхнего палеолита появляются амулеты из обработанного камня, что свидетельствует о появлении ростков религиозных верований и духовности первобытного человека.

С развитием человека растёт его умение благоустраивать жилище, что становится заметно в период неолита, когда появляются настоящие строения с зачатками архитектуры. Люди научились мастерить сосуды из глины, придавая им долговечность при помощи обжига; это изобретение они используют и для укрепления фундамента жилища. Самой развитой из  доисторических цивилизаций на территории будущей Молдовы была культура Кукутень-Триполье. Климат в то время был теплым, люди жили в больших поселениях, построенных по плану. Поселения обустраивали на равнине или на скалистых мысах, укреплённых высокими валами и глубокими рвами, жилища располагали по кругу. Строения на окраине селений были большими (120–160 м²), с внешними размерами 25x7 м (с. Вэрвэрэука-XV, Флорештский район), разделёнными на отдельные жилые помещения, и меньших размеров – 40 –70 м² ближе к центру поселения.  В домах имелся очаг. Конструкция дома состояла из деревянного каркаса, оплетённого лозой, которую обмазывали глиной и белили. Дома были приподняты над поверхностью земли, их строили на платформе из обожжённой земли, пол покрывали глиняной плиткой. Самое известное поселение этой культуры находится недалеко от села София (Дрокиевский район), оно вошло в литературу под названием Петрень. Эта деревня времён неолита, состоявшая из более чем 500 двухуровневых домов, расположенных концентрически, относится к первой четверти третьего тысячелетия до н. э. На первом уровне были очаги, склады для продуктов, которые хранились в больших сосудах из расписной керамики; на втором уровне располагались жилые помещения и алтари. Алтари представляли собой возвышения, на которых устанавливали глиняные фигурки  богинь, сидящих в креслах. Архитектура этих строений известна благодаря поделкам из керамики с изображением жилищ и алтарей. Следы архитектуры этой цивилизации изчезают в начале эпохи бронзы.     

Как было отмечено в раздеел «История» большинство серьезных ученых склоняется к тому, что Кукутенская цивилизация относится к одному из центров прото-индоевропейской цивилизации, изчезновение которой в 3 тысячелетии до н.э. связывают с появлением индо-европейских народов, которые стали возвращаться на свою прародину в результате климатических и демографических изменений на Востоке.      

От эпохи бронзы остались на территории Молдовы курганы, представляющие собой могильные холмы (tumulus). На территории Молдовы имеются курганы различных размеров, начиная от 10 до 50 м в диаметре, высотой 1–8 метров. Существуют курганы диаметром 60 и 80 м (г. Бельцы), а самый высокий из них, который находится вблизи села Кишкэрены (Сынжерейский р-н), был 17-метровой высоты с установленной на вершине водонапорной башней. Вероятно, чем  более важным был погребенный человек, тем выше насыпали курган. Курганы были круглыми в плане, коническими в сечении и располагались одиночно либо группой – до 24 курганов в одном месте (с. Кетросу, Дрокиевский р-н). На некоторых из них были установлены каменные плиты или грубо обтёсанные фигуры. Встречаются курганы удлиненной формы, схожие с земляными валами. Один из них называется «Могила великана», его длина 150 м, а ширина 25 м, он расположен вблизи села Лимбений Векь. Многие курганы получили наименования: «Большой курган», «Курган на шляху», «Могила швед», «Бортоаса», «Двугорбый» и т. д.

Могильные холмы, возведённые над погребеньями вождей, содержали большое количество бронзовых предметов и керамики. Тело усопшего, посыпанное красной охрой, помещали в яму, иногда выстланную досками или брёвнами. По периметру располагали тела принесённых в жертву слуг и лошадей и всё это накрывали перекрытием из брёвен. К сожалению, жилища культуры этого периода пока не обнаружены. Однако найдены десятки хозяйственных ям, в которых находились формы для литья металла и большое количество шлака (с. Котяла, Бричанского р-на). Следы жилищ можно обнаружить по остаткам обожженной глины, каменным очагам, облепленным глиной, и настилам (с. Каракушений Ной, Бричанского р-на, с. Гиндешты, Флорештского р-на). Было найдено жилище с тремя печами, полом, выложенным каменными плитами, с отверстиями для столбов, на которых держался каркас дома (с. Петрушены, Рышканского р-на). 

Во времена фракийского гальштата (X – начало VI вв. до н. э.) появляются жилища земляночного типа, наземные жилища и погребения в каменных урнах.