Mănăstirea Saharna, în întregul ei ansamblu, este unul din cele mai vechi aşezăminte monahale din Republica Moldova. Condiţiile climaterice ale defileului în mare măsură se aseamănă cu cele montane, deaceea în aceste locuri şi-au găsit adăpost mănăstiri rupestre ( secolele XIV – XV ) – locuri sfinte pentru creștini. Ansamblul monastic este compus din mănăstirea rupestră Bunavestire şi mănăstirea Sfînta Treime. Istoria mănăstirii rupestre se cunoaşte foarte puţin, neştiindu-se data precisă a întemeierii şi cine sunt ctitorii.

Mănăstirea Sfînta Treime a fost întemeiată în anul 1776 de către călugărul Vartolomeu Ciungu, cu permisiunea proprietarului Enache Hrisoverghi, care îi dărui şi 120 desetine de pămînt. Conform tradiţiei, înainte de începerea lucrărilor, Vartolomeu petrece 40 de zile în post şi rugăciune, pentru a milostivi pe Dumnezeu, ca să fie ajutat în alegerea cît mai reuşită a unui loc pentru construcţia mănăstirii. Legenda spune, că la a 40-a zi de rugăciune, el a avut o revelaţie. I s-a arătat Preasfînta Fecioară Maria, Născătoarea de Dumnezeu, înconjurată de foc ceresc şi i-a arătat locul, unde trebuia să construiască locaşul monahal. Acest loc era colina de la poalele celor trei dealuri. Minunea a avut loc pe stînca cu numele Grimidon şi, ca dovadă a alegerii divine, Maica Domnului a lăsat incrustată în piatră urma piciorului Ei. Această urmă se poate vedea şi astăzi în capela, ce este construită în cinstea acestui fapt pe stînca Grimidon.

Ajutat de credincioşi Vartolomeu Ciungu a construit din lemn biserica, cîteva chilii şi le-a încojurat cu un zid de piatră. În anul 1818 au început lucrările de construcţie a bisericii de vară (devenită mai tîrziu biserică centrală), care s-au încheiat în 1821. Biserica este sfinţită în acelaşi an în cinstea Sfintei Treimi, se presupune că de către Mitropolitul Veniamin Costachi. În anul 1837 a fost renovată catapeteasma bisericii, care se ştie că era foarte frumoasă, împodobită cu icoane valoroase (la închiderea mănăstirii în 1964 aceste icoane au dispărut fără urmă). Tot în acelaşi an se mai construieşte un corp de case din piatră. În anul 1857 se restaurează mănăstirea rupestră Bunavestire, care ajunsese într-o stare avansată de deteriorare. În 1883 a mai fost construită o biserică, cea de iarnă, cu hramul Nașterea Maicii Domnului, cu un corp de chilii.

În anul 1900 locuitorii Saharnei Ipolit Terleţki şi Vasile Corneanu au renovat mănăstirea rupestră, afectînd aspectul interior şi cel exterior al mănăstirii. Atunci a fost demolat peretele natural dintre biserică şi chiliile ce îi erau alăturate, ridicîndu-se pereţi noi din blocuri de piatră calcaroasă.

La începutul secolului XX mănăstirea Saharna avea 20 de călugări, toţi moldoveni, stăpînea 420 desetine de pămînt. După anul 1918 mănăstirea şi-a schimbat statutul, devenind „de maici". Către mijlocul secolului XX mănăstirea ajunsese un loc înfloritor, fiind una din cele mai bine amenajate lăcaşuri de cult monahale din Moldova, însă în 1964 mănăstirea este închisă şi transformată în spital de psihiatrie. Chiliile au fost transformate în saloane de spital, biserica de vară – în depozit, iar cea de iarnă – în casă de cultură. Mănăstirea a fost redeschisă la 19 aprilie 1991. În 1992 au fost reparate chiliile, trapeza, bucătăria, și stareția.

Mănăstirea rupestră a fost reparată în anii 1991-1994. Cele 4 chilii săpate în stîncă au fost reparate în 1997. În apropierea bisericii rupestre se află o peșteră îngustă în care, conform unei legende, s-a retras în schimnicie ieromonahul Vartolomeu, întemeietorul mănăstirii.

Mănăstirea Saharna - album foto