Arhitectura rupestră este răspîndită de-a lungul cursurile rîurilor cu maluri înalte şi abrupte, cum este cursul Nistrului de mijloc şi cursul inferior al rîului Răut. Despre identificarea unei arhitecturi rupestre se poate afirma în cazul cînd se observă realizarea unei concepţii de organizare a spaţiului util după anumite criterii de funcţionalitate, cînd sînt folosite procedee de armonizare a formelor spaţiale, cu elemente de decor. Sînt renumite cîteva monumente cu arhitectură rupestră, intrată în literatura istorică, cum ar fi Chilia lui Daniil Sihastrul din apropierea mănăstirii Putna, grota lui Iustin Karmaliuk de lîngă satul Valea Adîncă, raionul Camenca, sau Chilia lui Bechir din malul de cretă a rîpei Bechir, de lîngă oraşul Soroca, care pot fi datate cu o anumită precizie.

Arhitectura complexelor rupestre nu este cercetată suficient, rămînînd fără interpretare formele spaţiale şi timpul excavării cavernelor şi amenajarea lor drept sanctuare, biserici, schituri sau aglomerări de locuinţe rupestre. În literatura ştiinţifică şi de popularizare continuă să fie utilizate afirmaţiile istoricilor din secolul al XIX-lea, că ar fi fost create de populaţia băştinaşă ca ascunzători în timpul invaziei tătaro-mongole. În urma studierii sumare din secolul al XX-lea de o grupă de entuziaşti, s-a ajuns la concluzia că sînt cîteva programe de arhitectură rupestră: lăcaşuri de cult amenajate pentru un cult anterior creştinismului; lăcaşuri de cult creştin, complexe din lăcaşuri de cult cu complexe de locuit şi locuinţe rupestre.

Lăcaşuri de cult, mărturii ale răspîndirii unei religii, adepţii căreia alegeau izolarea în grote, posibil isihaştri (monahism bizantin), pot fi identificate printre grotele din malurile rîului Răut de lîngă satul Butuceni, în care sînt excavate spaţii interioare cu chilii grupate sub forma petalelor în jurul unui spaţiu central, singurul  prin care  pătrunde lumina prin golul săpat în roca care prezintă peretele exterior. Înălţimea spaţiului interior este mai mică decît statura umană, impunînd aplecarea capului, fiind un procedeu de menţinere constantă a stării de umilinţă, caracteristică pustnicilor. O parte a acestor chilii au fost utilizate la transformarea unui asemenea complex în schitul Peştera, prin adăugarea unui spaţiu rupestru la răsărit, excavat cu planimetria asemănătoare bisericilor de la suprafaţa solului. În timpul extinderii bisericii cu o porţiune pentru a fi transformată în biserică parohială, a fost distrus grupul de chilii similare de la vestul bisericii, unite printr-un tunel subteran cu clopotniţa de pe versantul de sud, unde se afla satul Butuceni. În apropierea acestui schit se află încă cîteva complexe cu spaţiul interior asemănător, mărturie a amploarei pe care o luase curentul isihast în această zonă.

Bisericile rupestre, după cum se afirmă, sînt răspîndite din perioada paleocreştină şi a luptei iconoclaştilor, în scrierile bizantine din secolul al X-lea consemnîndu-se prezenţa unor lăcașe de-a lungul Nistrului, săpate în stînci, pe care sînt incizate semnul crucii, părăsite deja la acel timp. Sursele istorice din secolul al XIX-lea indică prezenţa unor icoane pictate pe pereţii acestor grote. Bisericile rupestre, cunoscute fac parte din componenţa unor schituri, sînt amplasate în malurile înalte din calcar sau din cretă ale Nistrului şi afluenţilor săi, cu orientarea axei spre răsărit, intrarea dinspre nord şi cu chilii spre vest. Sînt renumite schiturile cu biserici şi chilii rupestre de lîngă satele Ţîpova, Japca, Saharna – toate săpate în faleza Nistrului şi a afluenţilor lui de stînga şi dreapta; schiturile de lîngă satul Butuceni din faleza rîului Răut. Lîngă satul Saharna, ca şi lîngă satul Butuceni, se află complexe din grote împrăştiate la diverse înălţimi în maluri de calcar, pe pereţii cărora sînt incizate simbolurile crucii, printre care crucea malteză. În schitul fondat de pîrcălabul Bosie, în malul Răutului lîngă satul Butuceni, în faţa Orheiului Vechi, se păstrează inscripţii lapidare de mare importanţă pentru istoria naţională.

Complexe de locuire rupestră sînt identificate lîngă satul Socola, raionul Şoldăneşti, cea mai mare aglomeraţie de acest gen din Republica Moldova, numărul lor fiind peste 180 de grote. Printre grotele amenajate pentru locuire, au fost identificate și biserici rupestre. Acesteta formează trei grupuri separate, în care grotele sînt amplasate în 3, 7 registre neuniforme. Majoritatea cavernelor aşezării rupestre nu au fost cercetate.