Operațiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 (ora 2.30) și a cuprins teritoriile anexate de URSS de la România în iunie 1940.

Urmau să fie ridicate 32.423 persoane, dintre care 6.250 să fie arestate, iar restul 26.173 de persoane - deportate (inclusiv 5.033 persoane arestate și 14.542 persoane deportate din RSS Moldovenească).

De obicei, o echipă formată din doi-trei militari înarmați și un lucrător al securității bătea la geamul casei, în plină noapte, luând prin surprindere gospodarii. Într-un sfert de oră să fiți gata!, acesta era ordinul care li se dădea oamenilor cuprinși în spaimă de cele întâmplate, neînțelegând unde merg și de ce. Deseori, printre cei care veneau să ridice oamenii se găsea și binevoitorul sau binefăcătorul care a denunțat familia și, astfel, ajutaNKVD-ul să depisteze elementele periculoase.

Deportaților le era permis să ia câte 10 kg de fiecare persoană, numai că, de multe ori, tot ce era mai de preț sau mai util în bagajele celor deportați le împărțeau între ei cei care i-au ridicat în miez de noapte. Îndată, erau urcați în camioane sau chiar - în unele sate - în căruțe, fiind duși până la gara de trenuri.

În stațiile de cale ferată, membrii fiecărei familii erau separați în felul următor: capii de familii într-o parte, tinerii peste 18 ani în altă parte, iar femeile cu copii mici și bătrânii - aparte. A urmat îmbarcarea în vagoanele de marfă, câte 70-100 persoane, fără apă și hrană. Pe vagoane scria: Tren cu muncitori români care au fugit din România, de sub jugul boierilor, ca să vină în raiul sovietic. Ieșiți-le în cale cu flori! sau Emigranți voluntari.