В Молдавском княжестве на попечении Церкви находился ряд школ, больниц, приютов для бедных. В то же время Церковь – один из крупнейших землевладельцев и самостоятельно управляла своим земельным имуществом.

 Во время правления А.И. Куза остро стоял вопрос о посвященных монастырях. На протяжении веков часть молдавских монастырей были «посвящены», то есть волей их ктиторов они были переданы под управление патриархов Константинополя, Иерусалима, Антиохии, Александрии или больших монастырей Святой горы, Балканского полуострова, Ближнего Востока. Зарубежные монастыри должны были заботиться о молдавских монастырях, обеспечить выполнение ими обязанностей, определенных ктиторами: содержание больниц, школ и приютов, приданое для бедных девушек, благотворительность. Взамен зарубежным монастырям передавалась доля доходов, в некоторых случаях – очень существенная, которую получали молдавские монастыри от своих владений. Со временем эта доля возросла, тогда как обязанности все больше игнорировались.

Зарубежные монахи обладали статусом, который выводил их из-под действия молдавских законов. Различными путями они накопили огромные состояния. Хотя Органический регламент ввел обязательную подать государству в размере четверти от полученных доходов, эта мера осталась мертвой буквой закона из-за отказа греков подчиняться этому решению.

В программе реформ Александра Иоанна Куза стоял вопрос о секуляризации монастырского имущества. В этих условиях многие греческие монахи пытались покинуть страну и увезти с собой ценные вещи из монастырей. Поэтому власти ввели правило выдачи паспортов под соответствующие гарантии. Таким образом были спасены значительные ценности, являющиеся частью национального наследия. Годом позже многие из них были переданы Национальному музею древностей, учрежденном господарским указом А.И. Куза в Бухаресте.

В июле 1863 года правительство выделило греческим иерархам в качестве компенсации за возврат посвященных монастырей  большую сумму – 80 миллионов лей (из них было вычтено 29 миллионов в счет задолженности культовых учреждений перед государством). К этому было выделено еще 10 миллионов лей для строительства светской школы и больницы в Константинополе. Это были огромные суммы для государства, но недовольные греки отказались от них. Предложение возросло до 102 миллионов, затем до 150 миллионов лей, которые также были отвергнуты греческими иерархами в надежде на вмешательство государств-гарантов. В результате монахам ничего не выплатили. В этих условиях в декабре 1863 года был принят Закон о секуляризации монастырского имущества. В результате государству перешло имущество всех монастырей, а не только посвященных. В целом в собственность государства перешли 31 подчиненный монастырь, которые владели 194 вотчинами и многочисленными лесами.

В 1812 году Восточная Молдова (Бессарабия) с канонической точки зрения находилась под юрисдикцией Митрополии Молдовы, но в результате ее присоединения к Российской империи церкви Бессарабии были подчинены Святейшему Синоду Русской Православной Церкви. После заключения Бухарестского мира митрополит Гавриил Бэнулеску-Бодони, обосновавшийся в Кишиневе, обратился к Святейшему Синоду с просьбой об образовании новой епархии, поскольку в Бессарабии было более 750 церквей, прихожане которых говорили на другом языке, чем в Российской империи. 21 августа 1813 года была образована Кишиневско-Хотинская епархия со статусом митрополии и экзархата и с резиденцией в Кишиневе.

В том же 1813 году, вследствие меморандума Гавриила Бэнулеску-Бодони, который писал, что «за Днестром очень мало русских», к новой епархии были присоединены церкви Левобережья Днестра, территория, которая находилась под турецким владычеством до 1792 года. Речь идет о 77 церквах Екатеринославской губернии, городов Тирасполь, Ананьев, Елизаветград, Дубэсарь и Овидиополь со всеми их окрестностями и Херсонской губернии с городами Херсон, Очаков, Одесса, Ольвиополь и со всеми селами.

Митрополит Бэнулеску-Бодони требовал для церковнослужителей Бессарабии «те же права, которыми обладает русское духовенство». Кроме того, он потребовал невмешательства властей во внутрицерковные дела. Таким образом, в 1813 году Кишиневско-Хотинская епархия имела в своей юрисдикции девять благочиний, 775 церквей, 21 монастырь, 812 священнослужителей, которые были освобождены от уплаты налогов и от воинской повинности. Священники неполучали заработную плату от государства, их доход состоял из пожертвований верующих и урожая с церковной земли. У каждой церкви было 33 фалчей земли, выделенных сельским помещиком или общиной. Прихожане обрабатывали эту землю барщиною для священника.

Во время своего пастырства Г. Бэнулеску-Бодони реорганизовал Церковь, введя ряд элементов, характерных для Русской Церкви. Он выбрал викария – Дмитрия Сулиму, епископа Бендерского и Аккерманского. В исполнении обязанностей ему помогали благочинные. В 1813 году в Кишиневе была учреждена Духовная семинария.

Для подготовки кандидатов в семинарию в 1823 году в Кишиневе открылась Духовная школа, которая принимала для четырехлетнего обучения учеников, окончивших начальный курс. Позже были открыты еще две духовные школы – в Измаиле и в Единцах.

По инициативе Гавриила Бэнулеску-Бодони в 1814 году в Кишиневе была основана типография Кишиневско-Хотинской митрополии. В епархиальной типографии были напечатаны целые серии учебных и религиозных книг, переведенных с русского языка под попечением митрополита. В 1815-1820 годы в типографии вышло в свет не менее 19 320 различных церковных книг религиозной тематики на молдавском языке.

Гавриил Бэнулеску-Бодони поощрял открытие новых храмов, хотел возвести в Кишиневе кафедральный собор, но первый камень в его фундаменте был заложен лишь в 1830 году, а строительство завешено в 1836 году. Смерть Гавриила Бэнулеску-Бодони в 1821 году изменила положение Церкви Бессарабии. Она была превращена в архиепископию под управлением русских епископов.

Следующим Предстоятелем после Г.Бэнулеску-Бодони был Дмитрий Сулима (1821- 1844), украинец по национальности. Он был рукоположен в Яссах и провел много времени в Дубоссарах, помогая благочинному Михаилу Стрилбицкому в типографской работе. В 1823 году в результате реорганизации Кишиневская Духовная семинария была подчинена Киевской Духовной академии. В середине XIX века количество школ с преподаванием на молдавском языке возросло до 326. В период пастырства Д. Сулимы был освящен Кишиневский кафедральный собор (1836) с храмом Рождества Христова.

В 1844 году кишиневским епископом был назначен Иринарх Попов (1844-1858). Он предпринял меры по улучшению материального положения духовенства, поддержал возведение новых церквей в Рэчуле, Суручень, Цигэнешть и др. В 1858 году в епархии было 875 приходских церквей, из них: 314 – каменных и 551 – деревянная, к ним еще 34 церкви в 21 монастыре, существовавших на тот момент. Молдове были возвращены 994 церкви, которые вошли в новообразованную Нижне-Дунайскую епархию с резиденцией в Измаиле.

С 1867 года издается официальный епархиальный бюллетень – Кишиневские епархиальные ведомости. В этот период в Бессарабии было 843 церкви: 318 – каменных и 525 – деревянных.

Во время пастырства Павла Лебедева (1871-1882) было регламентировано использование приходских участков, а в некоторых приходах священнослужителям

стали выплачивать зарплату. В 1863 году был основан Ново-Нямецкий монастырь. Были построены новые церкви в Вэрзэрешть, Курках и Сахарне. Согласно новым указаниям архиепископа Павла Лебедева богослужение должно было совершаться на церковно-славянском языке, но не везде это распоряжение выполнялось.

В 1870 году Бессарабская епархиальная типография была закрыта, в Бессарабию привели священников из самых отдаленных уголков России. Архиепископ Павел уволил многих священников и псаломщиков: 169 приходских настоятелей были низведены в чин простых священников, 194 – изъяли из бюджета, 596 псаломщиков были уволены и т.п. Эти меры не привели к ожидаемым результатам. Русские священники, назначенные в бессарабских селах, изучали молдавский язык и через два поколения их потомки становились молдаванами.

Следующий архиепископ – Сергей Лапидевский (1882-1891) – для успокоения умов вернул в богослужение молдавский язык. Одним из результатов запрета богослужений на молдавском языке было появление религиозных сект, как например, секта иннокентистов.

Из последующих архиереев заметный след в истории Церкви Бессарабии оставил Яков Пятницкий (1898-1904), под покровительством которого было основано Бессарабское Общество истории и археологии и благотворительное общество «Братство Рождества Христова», целью которого было улучшение религиозного воспитания народа.

В первые десятилетия XX века была продолжена общественная и экономическая церковная деятельность. В центре Кишинева, рядом с кафедральным собором был построен епархиальный дом. Новые приходские церки возведены в Сороках, в Кэприяне и Жапке построены монастырские храмы. В 1916 году монастыри Жапка и Кэлэрэшэука преобразованы в женские.