Cultul religios al populaţiei moldoveneşti este creştinismul răsăritean sau ortodoxia. Principalele lăcaşuri de cult în Moldova sînt bisericile, care se înscriu într-o tipologie ierarhică: biserici catedrale (numite şi simplu catedrale), biserici parohiale, paraclise (numite şi capele). În componenţa bisericilor intrau separat sau ataşat clopotniţele, pentru chemarea la serviciul divin ordinar sau cu ocazii speciale. Bisericile, independent de rangul lor, erau tripartite, alcătuite din naos, altar şi pronaos.

Catedralele se deosebesc de simple biserici prin dimensiuni mai mari, destinate primirii unui număr mare de credincioşi la marile sărbători religioase, în care predică ierarhul local suprem. Arhitectură catedralelor a întruchipat căutările noi în domeniul formei artistice, a orientări stilistice şi a progresului tehnic, şi reprezintă realizările de vîrf din domeniul arhitecturii ecleziastice, deoarece în evul mediu „în arhitectura religioasă s-au concentrat toate forţele şi aspiraţiile artistice ale societăţii”.

În Moldova catedrală mitropolitană a fost biserica Sf. Nicolae din Rădăuţi, apoi biserica Mirăuţi din Suceava, trecînd la biserica Sf. Gheorghe din Suceava. Pe teritoriul actual al Republicii Moldova, după ce Chişinăul a devenit oraş de reşedinţă a mitropolitului Gavriil Bănulescu-Bodoni, Biserica Sf. Arhangheli, cunoscută și cu denumirea Catedrala Veche, a devenit prima catedrală metropolitană. și a fost finisată în timpul arhiepiscopului Dumitru Sulima, fiind transformată apoi în catedrală arhiepiscopală. După o perioadă de utilizare inadecvată în timpul ateismului agresiv, biserica şi-a recăpătat statutul de catedrală mitropolitană.

Catedrale episcopale au fost construite în centrele episcopiilor. Una din cele mai renumite catedrale episcopale este Sf. Constantin şi Elena din Bălţi, fondată de primul episcop de Bălţi, Visarion Puiu în perioada interbelică.

Bisericile parohiale sînt cele mai răspîndite clădiri religioase. sînt construite în centrul localităţilor, sau în centrul unui ansamblu monastic, devenind accentul compoziţional al centrului public. În marile localităţi puteau fi cîteva biserici parohiale, în dependenţă de numărul enoriaşilor. De exemplu, pe la 1788 în Chișinău au fost atestate circa 7 biserici, din care la începutul secolului XIX rămăseseră doar patru, iar la începutul secolului al XX-lea în Chișinău erau 2 catedrale, 14 biserici parohiale şi 18 capele pe lîngă instituţiile curative şi de învăţămînt.  În Orhei în aceiaşi perioadă erau cinci biserici, în satul Cotiujenii Mari - două biserici, ceea ce este un indice al numărului de locuitori din aceste aşezări. Bisericile parohiale nu sînt mari ca dimensiunie, lăţimea lor se înscrie, în dependenţă de numărul locuitorilor, între 6,5 – 8,7 m, lungimea între 15-20 m. Bisericile sînt ridicate de obicei pe locul cel mai înalt al localităţilor, dominînd peisajul înconjurător.

Bisericile ridicate la cimitire, numite paraclise, sau pe lîngă spitale, aziluri, instituţii de învăţămînt, numite capele, se deosebeau de celelalte prin forma planului, în care lipsea pronaosul.

Bisericile au fost construite în lemn şi din piatră, dar sînt cunoscute şi biserici săpate în stîncă (rupestre). Bisericile de piatră în Moldova sînt constrite după formarea statului moldovenesc, cele mai multe fiind cunoscute graţie investigaţiilor arheologice. Construcţia bisericilor a fost iniţiată de către domnitori, fiind amplasate pe lîngă curţile domneşti din oraşe şi sate şi în cadrul mănăstirilor. În prima etapă a dezvoltarii arhitecturii medievale, anterior centralizării statului, biserici în piatră construiau şi boierii în reşedinţele de pe moşiile lor sau în oraşe pe loturile de pămînt care le aparţineau. Comunităţile săteşti din Moldova istorică construiau biserici din lemn, cele mai vechi nu au ajuns pina in timpurile noastre, dar continuitatea arhitecturii bisericilor de lemn poate fi urmărită pe teritoriul Moldovei pînă în anii 30 ai secolului al XIX-lea, cînd în corespundere cu legislaţia rusă, au fost interzise construcții din lemn. Se pare că pe la sfîrşitul secolului al XIX-lea sînt permise construcţiile în lemn, cînd este ridicată una dintre cele mai frumoase biserici din lemn din satul Larga, raionul Briceni. Ultimele biserici de lemn au fost construite în perioada interbelică, un exemplar aflîndu-se în satul Hîrjauca, raionul Călăraşi.

Bisericile rupestre, după cum se afirmă, sînt răspîndite din perioada paleocreştină şi a luptei iconoclaştilor, în secolul al X-lea consemnîndu-se prezenţa unor locașe săpate in stînci de-a lungul Nistrului, pe care este incizat semnul crucii. Bisericile rupestre fac parte din componenţa unor schituri pentru care au fost alese maluri înalte din calcar sau din cretă, cu orientarea axei spre răsărit, spre vest aflîndu-se un număr de chilii. sînt renumite schiturile rupestre de lîngă satele Socola, Ţîpova, Japca, Saharna – toate în faleza Nistrului; schiturile de lîngă satul Butuceni din faleza afluentului său, rîul Răut, chilia lui Bechir de lîngă oraşul Soroca, din malul de cretă a rîpei Bechir. Majoritatea aşezărilor rupestre nu au fost cercetate.